二氧化硅廣泛存在于自然界中,與其他礦物共同構成了巖石。天然二氧化硅稱為硅石,約占地殼質量的12%,其存在形式有結晶態和無定形態兩種。石英晶體是結晶的二氧化硅,具有不同的晶型和色彩。石英中無色透明的晶體是通常所說的水晶。具有彩色環帶狀或層狀的稱為瑪瑙(含有雜質)。
二氧化硅礦物是指化學式相同(SiO?),但結構有差異的礦物,這些礦物統稱為類質異像體,主要包括石英、方石英和鱗石英。這些礦物在地球上主要存于花崗巖、砂巖和黑硅巖中,而月球上幾乎缺乏,主要原因是:化學成分演化上,月球形成一個低硅、高鋁的月殼,高硅的花崗質巖石極為稀少;月球在演化上缺乏像地球一樣有一個可以結晶出二氧化硅礦物的水系和熱水體系。盡管二氧化硅礦物在月球巖石上極為稀少,但對月球巖石的分類和成因的研究具有重要的作用。